乳酸菌という名称、EMP経路（解糖系）にて発酵という別経路に入り、乳酸を生成する嫌気性菌類の総称であり、乳酸菌といわれたらその中には実に多数の菌が属する（属の下に科があるため）ことになる。
乳酸菌は先に述べたとおり、胃酸や胆汁酸の作用や他の常在菌の作用でほぼ死滅してしまうこと、乳酸菌製品の開発には、いかに胃酸や胆汁酸で消化されずに腸まで達する製品を作るかが求められる。
乳酸菌の効果を助けるためにも、1日1リットル程度の水分の摂取、十分な睡眠時間、肉よりも魚、魚よりも野菜の食生活、よくかんで食べる、などをあわせて行うとよい。
また、乳酸菌の王道であるヨーグルトは乳糖が分解されずにアレルギーを起こす可能性などあるので乳児に対しては注意する（治療薬はミルラクト）。
以下に、乳酸菌の中でもよく知られているものを挙げる。また、乳酸菌は種類によって効能の差が大きいので選ぶ際にも注意したい。
ビフィズス菌（Bifidobacterium）
いわずと知れた腸内常在菌で、成人になるまでは最も優勢な菌として位置するが、年を重ねるごとにその数は減少していく。最近は、カルピス社が発売しているダノンBIO（高生存ビフィズス菌：BE80菌）がよくCMしてますね。
ヤクルト菌（Lactobacillus casei シロタ株）
胃酸や胆汁酸に対して抵抗性を持つ代田稔氏によって開発された菌。普段飲むヤクルトの中に入っているメジャーな菌。
KW乳酸菌（Lactobacillus paracasei KW3110）
キリンが開発した乳酸菌で、強い酸にも耐えて、特にアレルギーに対して効果のある菌ということで見出された菌だという。くわしくはキリンのページで。
LG21乳酸菌（Lactobacillus gasseri OLL2716）
明治乳業が開発した乳酸菌で、ピロリ菌に対する除菌を目的として開発された胃潰瘍患者さん用の乳酸菌
L29乳酸菌（Lactobacillus Lactobacillus acidophilus L92株）
カルピス社が開発した乳酸菌で、胃酸や胆汁酸にも強く腸まで達してその作用を示すという。
EF乳酸菌（Enterococcus faecalis）
他のどの乳酸菌にも比して免疫賦活作用が強いといわれる。その概要はTNF-αの活性化やIL-12の活性化によるものだといわれる。
その他
キムチや漬物発酵の際に活躍するラクトバチルス・プランタラムやラクトバチルス・プレビスなどもいる。
